Farmakonisi a des connexions avec Îles Égéennes (Pythagorio/samos) et Îles Du Dodécanèse (Arkyi, Agathonissi, Patmos, Lipsi et Leros). La liaison maritime tra Farmakonisi e le varie destinazioni n'est temporairement pas disponible par toutes les compagnies de navigation connectées au système de réservation en ligne de la NetFerry.